První kritičnosti elektrárny Fort St. Vrain bylo dosaženo 31. 1. 1974, přibližně měsíc poté, co dostala elektrárna povolení k provozu od státního dozoru pro atomovou energii (AEC). V té době bylo ve Spojených státech ve zvyku výzkumné elektrárny zařazovat do speciálních kategorií a elektrárny pak získávaly povolení podle speciálního zákona o atomové energii. Díky tomuto zákonu bylo experimentálním reaktorům a reaktorům určeným k výrobě lékařských prostředků umožněna mnohem vyšší flexibilita. Při řešení nejrůznějších problémů nebylo třeba zařizovat zdlouhavá povolení týkajících se návrhu, provozu, vývoje či zkoušek jaderných zařízení.

Vzhledem k vývoji a jedinečnosti návrhu Fort St. Vrain nebylo možné elektrárnu uvést do komerčního provozu podle plánu. Majitel elektrárny tak učinil až v roce 1979 a ihned poté začala elektrárna dodávat do sítě elektřinu a vydělávat peníze.
V počátcích provozu se v elektrárně objevovaly problémy, které musely být vyřešeny ještě před komerčním spuštěním. Jednalo se například o průsak vody do primárního okruhu přes ložiska héliových dmychadel. S tímto problémem se Fort St. Vrain potýkala běžně. Dalším problémem byla vlhkosti grafitu, který byl během výměny paliva vystaven vzduchu a vlhkost tak nasál do sebe. Vlhkost v primárním okruhu degenerovala grafitové struktury, povlaky palivových koulí, a proto bylo třeba vlhkost neustále separovat.

Horší okamžik nastal, když se testovaly regulační tyče. Alespoň dvakrát v historii se stalo, že ne všechny regulační tyče dosedly do dolní koncové polohy a zasekly se. Při jednom zásahu museli operátoři resetovat řídící jednotky motorů, aby se tyče dostaly do dolních koncových poloh. Tato situace neznamenala nikdy bezprostřední ohrožení, jelikož bylo v reaktoru vždy dostatek zasunutých tyčí a reaktor byl odstavený.
Průsak vlhkosti do primárního okruhu byl primárně způsoben nevhodným návrhem héliových dmychadel. To bylo zjištěno již při provozu elektrárny Peach Bottom. Systém vody a páry byl následně podstatně zdokonalen pomocí speciálních (zahlcovacích) ucpávek.

18. srpna 1989 se znovu opakovala situace se zaseknutou regulační tyčí. Naštěstí se tak stalo při odstaveném reaktoru, a tak mohla být příčina analyzována a vyřešena. Při odstávce byly provedeny i další kontroly zařízení, při kterých byla zjištěna nepříjemná skutečnost. Na kolektoru páry z 12 parogenerátorů se vyskytla degenerace materiálu, která by mohla vést až k prasknutí kolektoru a uvolnění páry ze sekundárního okruhu. Analýza situace ukázala, že není ekonomicky výhodné vyměňovat či opravovat kolektor páry a rada PSCo (elektrárenské společnosti v Coloradu) rozhodla o definitivním odstavení reaktoru. Stalo se tak 29. srpna 1989.

Fort St. Vrain byla v komerčním provozu přibližně 10 let, o pár let déle, než její předchůdce, Peach Bottom. Ten byl provozován mezi léty 1967 a 1974. Zdánlivým nezdarem elektrárny Fort St. Vrain byl zřejmě odstartován odchod Spojených států od vysokoteplotních reaktorů. Před jejím odstavením bylo u General Atomics objednáno několik vysokoteplotních reaktorů o mnohem vyšším jednotkovém výkonu, než u předchozích modelů. Všechny objednávky byly však nakonec zrušeny, některé kvůli zvyšujícím se odhadovaným nákladům, jiné byly zrušeny výrobcem General Atomics.

Během několika let byly palivové koule z reaktoru vyvezeny a pečlivě uschovány. Po roce 1991 začala samotná likvidace elektrárny. Majitelé se rozhodli okamžitě elektrárnu demontovat a nevyčkávat. Všechny kontaminované komponenty jako grafitové moderátorové bloky, či spodní a horní desky reaktorové nádoby z předepjatého betonu byly během několika dalších let odstraněny. V roce 1997 byl Fort St. Vrain radiologicky vyčištěn. PSCo oznámilo, že práce na čištění elektrárny byly dokončeny před očekávaným termínem a s nižším rozpočtem, než byl původně plánovaný.
Ačkoliv by se mohlo zdát, že tím provoz elektrárny skončil, nebylo tomu tak. Ještě před zahájením demontáže majitelé přemýšleli jak co nejefektivněji využít funkční zařízení – turbínu a elektrický generátor. V lokalitě Fort St. Vrain byly vystavěny plynové elektrárny, které dodávaly páru pro původní turbínu a elektrický generátor. Vyrostla tak největší plynová elektrárna s kombinovaným cyklem. Ještě dnes se jedná o největší plynovou elektrárnu v oblasti Colorado.

Ačkoliv nebyl provoz elektrárny Fort St. Vrain dlouhý v porovnání s provozem lehkovodních reaktorů, poskytl značné množství provozních zkušeností s plynem chlazenými reaktory. Těchto znalostí bylo využito později při konstrukci plynem chlazených reaktorů. Informace byly čerpány zejména v oblasti materiálů, kdy se některé materiály v provozu Fort St. Vrain ukázaly jako nevhodné. Nyní se opět zvyšuje zájem o vysokoteplotní reaktory v podobě modulárních SMR reaktorů. Znalosti získané z provozu integrálně uspořádaného reaktoru s nádobou z předepjatého betonu a jednotného paliva se tak mohou přenést do budoucnosti a vývojová větev může dále pokračovat. Pokud se ukáže přínos v podobě SMR reaktorů, nebudou tak provozní informace z elektrárny Fort St. Vrain zbytečné.
Zdroj: ansnuclearcafe.org